Khu vực xung quanh Albuquerque đã được thổ dân châu Mỹ định cư từ lâu. Họ đã xay các thành phố nhiều tầng, rộng lớn gọi là các pueblo, một số vẫn còn tồn tại đến ngày nay. Khu định cư của người Tây Ban Nhà bắt đầu từ đầu những năm 1600 dù người Tây Ban Nha đã bỏ khu vực này sau Cuộc nổi dậy Pueblo năm 1680 khi thổ dân châu Mỹ đứng lên chóng lại ách thống trị của Tây Ban Nha. Albuquerque ngày nay được thành lập năm 1706 và thành phố đã được đặt tên theo công tước Alburquerque (chữ r đầu tiên sau này bị bỏ đi), lúc đó đang là phó vương của Tân Tây Ban Nha. Thành phố phát triển nhanh chóng như là một trạm trên đường từ Santa Fe đến Thành phố Mexico.

Sau cuộc Chiến tranh Mexico (1846–1848), Albuquerque chính thức trở thành một bộ phận của Hoa Kỳ và là một cơ sở quân sự quan trọng của Mỹ từ 1846 đến 1870. Quân Liên minh (Confederate) đã chiếm giữ Albuquerque chớp nhoáng trong năm 1862, trong cuộc Nội chiến Hoa Kỳ. Năm 1880, một khu định cư đã phát triển xung quanh khu vực ngày nay là đường sắt vừa mới xây dựng. Khi khu định cư phát triển nhanh chóng, khu định cư ban đầu trở thành Phố Cổ. Được thành lập với tư cách là một thành phố trong năm 1891, Albuquerque phát triển thành một trung tâm nông trang và trung tâm y tế, dần dần bao quanh và năm 1949 sáp nhập khu Phố Cổ. Thập niên 1950 là thời kỳ thành phố tăng trưởng nhanh nhờ chi tiêu nghiên cứu hạt nhân tại đây của chính quyền liên bang. Thập niên 1970 Albuquerque trải qua một chương trình đổi mới quy hoạch đô thị và cuối thập niên 1980 thành phố hoàn thành mở rộng trung tâm hội nghị và sân bay.